Module molUtils

Returns: [str]

list of all single AA codes, including B, Z, X

Returns: [str]

list of all 20 'exact' single AA codes.

 atomType( eLetter ) -> list of types this element belongs to

Parameters:

• eLetter (str) - atom name

Returns: p|u OR None

return 'p' for polar, 'u' for unpolar and None if not in classified

Parameters:

• resCode (str) - amino acid code

Returns: a|c|p OR None

list of types this residue belongs to...

Parameters:

• seq ([str]) - amino acid sequence in 3-letter code
• xtable (dict) - dictionary with additional str:single_char mapping

Returns: [str]

list with 1-letter code; ['A','C','L','A'...]

Parameters:

• seq (str) - amino acid sequence in 1-letter code

Returns: [str]

list with the amino acids in 3-letter code

Parameters:

• descr (dict) - dictionary with keys from the atom dictionary
• report (1|0) - write a message to stdOut

Returns:

int or list of matching positions

Note:

Obsolete: use PDBModel.filter instead.

Find the position of an atom(s) in the atom dictioanry by description. If the description matches more than one atom a list of matching positions is returned.

Example atom dictioary (valid keys):

 {'name': 'OG1', 'residue_number': 20, 'insertion_code': '',
  'alternate': '', 'name_original': ' OG1',
  'temperature_factor': 23.640000000000001, 'occupancy': 1.0,
  'element': 'O', 'segment_id': 'RECA', 'charge': '',
  'residue_name': 'THR', 'serial_number': 201, 'type': 'ATOM',
  'chain_id': ''}

Parameters:

• a1 (PDBModel.atoms) - atom dictionary
• a2 (PDBModel.atoms) - atom dictionary

Returns: [-1|0|1]

int or list of matching positions

Parameters:

• model (PDBModel) - model to sort

Returns: PDBModel

model with sorted atoms

aaDicStandard

Value:

{'asp': 'D', 'glu': 'E', 'lys': 'K', 'his': 'H', 'arg': 'R', 'gln': 'Q ', 'asn': 'N', 'ser': 'S', 'asx': 'B', 'glx': 'Z', 'phe': 'F', 'trp': 'W', 'tyr': 'Y', 'gly': 'G', 'ala': 'A', 'ile': 'I', 'leu': 'L', 'cys' : 'C', 'met': 'M', 'thr': 'T', 'val': 'V', 'pro': 'P'}

nsDicStandard

Value:

{'atp': 'A', 'gtp': 'G', 'ctp': 'C', 'thy': 'T', 'ura': 'U'}

aaDic

Value:

copy.copy(aaDicStandard)

xxDic

Value:

{'tip3': '~', 'hoh': '~', 'wat': '~', 'cl-': '-', 'na+': '+', 'ndp': ' X', 'nap': 'X'}

nonStandardAA

Value:

{'UNK': 'ALA', 'ABA': 'ALA', 'B2A': 'ALA', 'ORN': 'ARG', 'ASX': 'ASP', 'CSH': 'CYS', 'OCS': 'CYS', 'CSO': 'CYS', 'GLX': 'GLU', 'CGU': 'GLU', 'ILG': 'GLU', 'B2I': 'ILE', 'BLE': 'LEU', 'KCX': 'LYS', 'BLY': 'LYS', 'MSE': 'MET', 'B1F': 'PHE', 'B2F': 'PHE', 'HYP': 'PRO', '5HP': 'PRO', 'SEP': 'SER', 'TYS': 'TYR', 'B2V': 'B2V', 'HIE': 'HIS', 'HID': 'HIS', 'HIP': 'HIS', 'CYX': 'CYS'}

aaAtoms

Value:

{'GLY': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'OXT'], 'ALA': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB ', 'OXT'], 'VAL': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG1', 'CG2', 'OXT'], 'L EU': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD1', 'CD2', 'OXT'], 'ILE': [' N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG1', 'CG2', 'CD1', 'OXT'], 'MET': ['N', 'C A', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'SD', 'CE', 'OXT'], 'PRO': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG', 'CD', 'OXT'], 'PHE': ['N', 'CA', 'C', 'O', 'CB', 'CG' , 'CD1', 'CD2', 'CE1', 'CE2', 'CZ', 'OXT'], 'TRP': ['N', 'CA', 'C', 'O ', 'CB', 'CG', 'CD1', 'CD2', 'NE1', 'CE2', 'CE3', 'CZ2', 'CZ3', 'CH2', ...

elements

Value:

{'carbon': ['C', 'CD2', 'CZ2', 'CB', 'CA', 'CG', 'CE', 'CD', 'CZ', 'CH 2', 'CE3', 'CD1', 'CE1', 'CZ3', 'CG1', 'CG2', 'CE2'], 'nitrogen': ['NZ ', 'ND2', 'NH1', 'NH2', 'ND1', 'NE1', 'NE2', 'NE', 'N'], 'oxygen': ['O G', 'OE2', 'OXT', 'OD1', 'OE1', 'OH', 'OG1', 'OD2', 'O'], 'suplphur': ['SG', 'SD'], 'clustering_BDZ': ['C', 'CB', 'CD', 'CD1', 'CD2', 'CZ', 'CZ2', 'CZ3', 'ND1', 'ND2', 'NZ', 'OD1', 'OD2', 'SD'], 'clustering_ABD Z': ['C', 'CA', 'CB', 'CD', 'CD1', 'CD2', 'CZ', 'CZ2', 'CZ3', 'ND1', ' ND2', 'NZ', 'OD1', 'OD2', 'SD'], 'clustering_G': ['C', 'CG', 'CG1', 'O ...

aaAtomsH

Value:

{'XXX': {'N': 1, 'CA': 1, 'C': 0, 'O': 0, 'OXT': 0}, 'GLY': {}, 'ALA': {'CB': 3}, 'VAL': {'CB': 0, 'CG1': 3, 'CG2': 3}, 'LEU': {'CB': 2, 'CG ': 0, 'CD1': 3, 'CD2': 3}, 'ILE': {'CB': 0, 'CG1': 1, 'CG2': 3, 'CD1': 3}, 'MET': {'CB': 2, 'CG': 2, 'SD': 0, 'CE': 3}, 'PRO': {'N': 0, 'CB' : 2, 'CG': 2, 'CD': 2}, 'PHE': {'CB': 2, 'CG': 0, 'CD1': 1, 'CD2': 1, 'CE1': 1, 'CE2': 1, 'CZ': 1}, 'TRP': {'CB': 2, 'CG': 0, 'CD1': 1, 'CD2 ': 0, 'NE1': 1, 'CE2': 0, 'CE3': 1, 'CZ2': 1, 'CZ3': 1, 'CH2': 1}, 'SE R': {'CB': 2, 'OG': 1}, 'THR': {'CB': 0, 'OG1': 1, 'CG2': 3}, 'ASN': { ...

nsAtoms

Value:

{'ATP': ['PG', 'O1G', 'O2G', 'O3G', 'PB', 'O1B', 'O2B', 'O3B', 'PA', ' O1A', 'O2A', 'O3A', 'O5*', 'C5*', 'C4*', 'O4*', 'C3*', 'O3*', 'C2*', ' O2*', 'C1*', 'N9', 'C8', 'N7', 'C5', 'C6', 'N6', 'N1', 'C2', 'N3', 'C4 '], 'GTP': ['PG', 'O1G', 'O2G', 'O3G', 'PB', 'O1B', 'O2B', 'O3B', 'PA' , 'O1A', 'O2A', 'O3A', 'O5*', 'C5*', 'C4*', 'O4*', 'C3*', 'O3*', 'C2*' , 'O2*', 'C1*', 'N9', 'C8', 'N7', 'C5', 'C6', 'O6', 'N1', 'C2', 'N2', 'N3', 'C4'], 'MG': ['MG'], 'NDP': ['P1', 'O1', 'O2', 'O5R', 'C5R', 'O1 R', 'C4R', 'C3R', 'O3R', 'C2R', 'O2R', 'C1R', 'N9', 'C8', 'N7', 'C5', ...

resDic

Value:

copy.copy(aaDic)

atomDic

Value:

copy.copy(aaAtoms)

atomSynonyms

Value:

{"O'": 'O', 'OT1': 'O', "O''": 'OXT', 'OT2': 'OXT', 'O1': 'O', 'O2': ' OXT', 'CD': 'CD1'}

hydrogenSynonyms

Value:

{'H': 'HN', '1HE2': 'HE21', '2HE2': 'HE22', '1HH1': 'HH11', '2HH1': 'H H12', '1HH2': 'HH21', '2HH2': 'HH22', '1HD2': 'HD21', '2HD2': 'HD22'}

hbonds

Value:

{'donors': {'GLY': ['H', 'H1', 'H2', 'H3'], 'ALA': ['H', 'H1', 'H2', ' H3'], 'VAL': ['H', 'H1', 'H2', 'H3'], 'LEU': ['H', 'H1', 'H2', 'H3'], 'ILE': ['H', 'H1', 'H2', 'H3'], 'MET': ['H', 'H1', 'H2', 'H3'], 'PRO': ['H', 'H1', 'H2', 'H3'], 'PHE': ['H', 'H1', 'H2', 'H3'], 'TRP': ['H', 'H1', 'H2', 'H3', 'HE1'], 'SER': ['H', 'H1', 'H2', 'H3', 'HG'], 'THR' : ['H', 'H1', 'H2', 'H3', 'HG1'], 'ASN': ['H', 'H1', 'H2', 'H3', '1HD2 ', '2HD2'], 'GLN': ['H', 'H1', 'H2', 'H3', '1HE2', '2HE2'], 'TYR': ['H ', 'H1', 'H2', 'H3', 'HH'], 'CYS': ['H', 'H1', 'H2', 'H3', 'HG'], 'LYS ...

polarH

Value:

{'GLY': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N'}, 'ALA': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N'}, 'VAL': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N'}, 'LEU': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N'}, ' ILE': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N'}, 'MET': {'H': 'N', ' H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N'}, 'PRO': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N ', 'H3': 'N'}, 'PHE': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N'}, 'TR P': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N', 'HE1': 'NE1'}, 'SER': {'H': 'N', 'H1': 'N', 'H2': 'N', 'H3': 'N', 'HG': 'OG'}, 'THR': {'H': ...

pairScore

Value:

{'WW': 5.85, 'WY': 6.19, 'RT': 3.77, 'RV': 4.18, 'RW': 8.57, 'RR': 2.8 7, 'RS': 2.82, 'RY': 5.28, 'GW': 1.42, 'GV':-0.41, 'GT': 0.21, 'GS':-1 .53, 'GR': 1.59, 'GQ': 1.70, 'GP':-0.51, 'GY': 1.25, 'GG':-4.40, 'GN': -0.54, 'GM': 0.91, 'GL':-0.37, 'GK': 1.33, 'GI': 0.77, 'GH': 1.08, 'SS ':-0.09, 'IY': 5.61, 'HY': 6.05, 'HR': 4.90, 'HS': 0.80, 'HP': 2.89, ' HQ': 4.00, 'HV': 3.21, 'HW': 6.46, 'HT': 2.71, 'KN': 3.17, 'HK': 2.72, 'HH': 5.37, 'HI': 3.38, 'HN': 2.38, 'HL': 4.88, 'HM': 4.65, 'ST': 1.9 1, 'PR': 3.99, 'PS': 1.33, 'PP': 0.60, 'PQ': 3.50, 'PV': 2.90, 'PW': 7 ...

boltzmann

Value:

1.38066e-23

NA

Value:

6.02214199e+23

planck2

Value:

1.0545727e-34

euler

Value:

N.e

mu

Value:

1.66056e-27

angstroem

Value:

1e-10

calorie

Value:

4.184

atomMasses

Value:

{'H': 1.00797, 'C': 12.01115, 'N': 14.0067, 'S': 32.064, 'O': 15.9994, 'P': 30.9738}

test

Value:

Test()